על פי מבקר המדינה, מאות פטנטים ממתינים למסחור .
מבקר המדינה קובע כי האוניברסיטאות בארץ אינן מנצלות באופן מיטבי את הקניין הרוחני שבבעלותן ואינן משקיעות מספיק על מנת לייצר או ליזום יישומים מסחריים בתחום התעשייה למימוש הידע המקצועי הניצבר.
על פי חוק הפטנטים הקובע כי המעביד הוא הבעלים על המצאות עובדיו, האוניברסיטאות מחזיקות בקניין רוחני אותו מגלה וממציא הסגל האקדמי במהלך עבודתו, כמות קניין זה רבה ומשמעותית וגדלה באופן עקבי.
בועדת גוטפרוינד אשר ממונה על הקשר שבין האוניברסיטה לתעשייה נקבע בשנת 2005 כי האוניברסיטאות לא גיבשו תהליך מסודר ומדיד להעברת טכנולוגיות מהאדקמייה לתעשייה וכמו כן אין תהליך מסודר של איתור וניצול פטנטים פורצי דרך באקדמיה.
כמו כן, גם בדו"ח המועצה הלאומית למחקר ופיתוח לשנים 2008-2009 נקבע כי האוניברסיטאות זקוקות להוסיף יעד אסטרטגי – העברת הידע המקצועי למגזר העסקי.
נטען כי דוח"ות אלו לא הועברו לרוב האוניברסיטאות ורק אוניברסיטת בן גוריון השיבה ואף שינתה את המדיניות שלה בעניין, מה שהביא באופן כמעט מידי לשיפור וגידול בפעילות של האוניברסיטה מול התעשייה ולשכלול תהליכים בכל הנוגע לקניין רוחני.
דו"ח המבקר מציין כי הזנחת תחום הקניין הרוחני והאפשרויות לניצול המידע הניצבר לטובת האוניברסיטאות ולטובת התעשייה, הכלכלה והחברה גורמת למאות פטנטים והמצאות יישימות ומעשיות "להתייבש" על מדף הספרים ולאבד את ערכן. זאת ועוד, מציין מבקר המדינה כי האוניברסיטות לא קבעו תהליכים וכללים לשחרור פטנטים שלא מוסחרו לממציאיהם.
כמות הפטנטים הממתינים למסחור אדירה, כאשר מכון ויצמן מוביל במעל 650 פטנטים, אונ' תל אביב והאונ' העברית מחזיקות כל אחת כמעט 500 פטנטים שממתינים, הטכניון עומד על כ- 350 פטנטים כאשר סוגרות את הרשימה אונ/ בן גוריון ובר אילן, שתיהן עם פחות 100 פטנטים הממתינים למסחור.
שאלות נוספות עלו כאשר נבדק נושא עבודות החוץ והקנין הרוחני הנוצר בעקבותו, מסתבר שבמהלך ביצוע עבודות של חברי הסגל מחוץ לתחומי האוניברסיטאות במסגרות שונות כמו ייעוץ או שנת שבתון קיימת זליגת מידע וידע שפותח באוניברסיטה לגורמים אחרים, מה שמייצר ניגוד עיניינים אצל חברי הסגל בין המחוייבות שלהם לאוניברסיטה לבין המחוייבות לגוף החיצוני בו הם פועלים.
באוניברסיטאות השונות יש כללים ברורים לפעילויות החוץ אך הן נתקלות בקושי רב ביישום ואכיפת כללים אלו.
נקודות נוספות עלו בכל נושא המסחור אשר מרוכז על ידי חברות יישום חיצוניות שמבוסס על רישום פטנטים ומכירת רישיונות שימוש בתמורה לתמלוגים, המודל פועל בצורה תקינה בתחומי מדעי החיים אבל אינו מודל מוצלח עבור תחומי הטכנולוגיה והתקשורת.
בתחומי ההנדסה והמחשבים הרצון של האוניברסיטואות בחלק ניכר מהבעלות על החברות המוקמות לצורך מיזמים מרתיע משקיעים וממציאים ויכול להתקיים באופן חופשי ויעיל יותר כאשר האוניבסיטאות ישחררו מעט מאחיזתם.